H ΕΜΠΑΠ στηρίζει τις ακαδημαϊκές και επιστημονικές πρωτοβουλίες για την ανάπτυξη συνεργασιών και την ανταλλαγή πληροφοριών και γνώσης. Στα πλαίσια αυτής της προσπάθειας, έχει επιδιώξει την τακτική συνεργασία με ερευνητικά κέντρα και διδακτικό επιστημονικό προσωπικό διαφόρων πανεπιστημίων της Ελλάδας και του εξωτερικού, καθώς και με άλλα ινστιτούτα:
1. Πανεπιστημιακά ερευνητικά κέντρα στην Ελλάδα:
- Εργαστήριο Αστικής και Περιφερειακής Καινοτομίας (URENIO), Πολυτεχνική Σχολή, Τμήμα Αρχιτεκτόνων, ΑΠΘ
2. Πανεπιστήμια και πανεπιστημιακά ερευνητικά κέντρα στο εξωτερικό:
- Centre for Enterprise and Economic Development Research, Middlesex University Business School (Μ. Βρετανία)
- Small Business Research Centre, Kingston University (Μ. Βρετανία)
- Centre for Enterprise and Innovation Research, University of Salford (Μ. Βρετανία)
- Institute for Urban and Regional Studies, Austrian Academy of Sciences (Αυστρία)
- Institute for Migration and Ethnic Studies, University of Amsterdam (Ολλανδία)
- Institute of Social Sciences, University of Lisbon (Πορτογαλία)
- Academy of Management, University of Lodz (Πολωνία)
- Institute of Geography and Spatial Management, Dept. of Regional Development, Jagiellonian University (Πολωνία)
- Centre of Migration Studies, University of Warsaw (Πολωνία)
- School of Economics and Business Administration, Tallinn University of Technology (Εσθονία)
3. Λοιπά Ινστιτούτα και Επιμελητήρια:
- ΙΝΕ: Ινστιτούτο Εργασίας – Γενική Συνομοσπονδία Εργατών Ελλάδος
